Tarea 04, registros de presencia de Orquídeas en las Áreas Silvestres Protegidas de Costa Rica

codigo fuente

imagen ilustrativa

by Fabien BELLANGER

Carga de las librarias

library(sf)
library(raster)
library(spData)
library(plotly)
library(DT)
library(tidyr)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(dplyr)

Carga de Datos

# Conjunto Orquideas
orquideas <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )

# Asignación del sistema de coordenadas
st_crs(orquideas) = 4326

# Conjunto Areas Silvestres Protegidas
ASP <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )

Limpieza de Datos

# Asignandole valor numerico a la columna coorinateUncertintyInMeters y formato de fecha a la columna eventDate

orquideas <-
orquideas %>%
  mutate(coordinateUncertaintyInMeters= as.numeric(coordinateUncertaintyInMeters)) %>%
  mutate(eventDate= as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"))


# Visualisando la cantidad inicial de Registros
cat("Cantidad original de registros: ", nrow(orquideas))

## Cantidad original de registros:  29863

Paso 1 de la tarea

# Descartando los registros con alta incertidumbre en la ubicación
orquideas <-
  orquideas %>%
  filter(coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)

# Visualisando la cantidad final de Registros
cat("Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ", nrow(orquideas))

## Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación:  677

Paso 2 de la tarea

# Visualisando la cantidad inicial de Registros
cat("Cantidad original de registros: ", nrow(orquideas))

## Cantidad original de registros:  677

# Eliminando registros N/A(espacios vacios) columna species
orquideas <- orquideas[!(orquideas$species== ""), ]

# Visualisando la cantidad final de Registros
cat("Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ", nrow(orquideas))

## Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación:  646

Paso 3 de la tarea

# Eliminando los registros que tienen como valor "Area Marina de Manejo" o "Area Marina Protegida" de la columna descripcio
ASP <- ASP[!(ASP$descripcio ==  'Area Marina de Manejo'), ]
ASP <- ASP[!(ASP$descripcio ==  'Area marina protegida'), ]

Preparativos para el mapa

# Creación de conjunto de datos con la cantidad de registros por Area Silvestre Protegida
orqui_ASP <-
  ASP %>%
  sf::st_make_valid()%>%
  sf::st_join(orquideas) %>%
  group_by(nombre_asp) %>%
  summarize(especies = n_distinct(species, na.rm = TRUE)) 

# Asignandole coordenadas
st_crs(orqui_ASP) = 4326

Mapa Registros de Presencia de Orquídeas por Área Silvestre Protegida

# Paleta de colores
colores_registros <-
  colorNumeric(palette = "YlGnBu",
               domain = orqui_ASP$especies,
               na.color = "transparent")

# Mapa Leaflet
leaflet() %>%
  addTiles(group = "OSM") %>%
  addPolygons(
    data = orqui_ASP,
    fillColor = ~ colores_registros(orqui_ASP$especies),
    fillOpacity = 0.7,
    stroke = TRUE,
    color = "black",
    weight = 1,
    popup = paste(
      paste(
        "<strong>ASP:</strong>",
        orqui_ASP$nombre_asp
      ),
      paste(
        "<strong>Cantidad de registros:</strong>",
        orqui_ASP$especies
        
      ),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Areas silvestres protegidas - registros", 
  ) %>%
  addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
                   overlayGroups = c("Areas silvestres protegidas - registros")) %>%
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_registros,
    values = orqui_ASP$especies,
    group = "Areas silvestres protegidas - registros",
    title = "Cantidad de registros"
  )